Para cada um dos 4 Subgrupos do Programa Operacional Formação Profissional e Emprego definem-se os objectivos, as linhas de actuação, entidade responsável, entidades beneficiárias, âmbito geográfico e indicadores de realização. Quanto ao financiamento, a forma como serão repartidas as despesas públicas será conhecida à medida que os projectos forem aprovados, a comparticipação do sector privado foi calculada com base num incentivo médio a conceder e poderá ser posteriormente ajustado, a contribuição das empresas nas acções de formação profissional referente a activos empregados será calculada com base numa taxa média, modulada consoante a dimensão e capacidade da empresa e dimensão do projecto. A Comissão de Coordenação do FSE e a Comissão de Acompanhamento são as estruturas nucleares da gestão do programa.